A história do Malutrom no futebol começou há 25 anos, quando as famílias de dois grupos econômicos tradicionais de Curitiba, Mallucelli e Trombini (Malu + Trom) se uniram para jogos de masters. Com esta categoria, a equipe realizou vários jogos pelo Brasil e exterior. Em dezembro de 1994 o clube Malutrom foi oficializado na Federação Paranaense de futebol, passando a disputar os campeonatos de categorias amadoras, nas quais conquistou 12 títulos.
A era no profissionalismo veio somente em 1998, quando a equipe disputou a primeira competição profissional, a série A-II do Campeonato Paranaense. E o sucesso não poderia ser melhor. Foi campeã estadual já no primeiro ano de disputa, garantindo a vaga para disputar a primeira divisão de 1999, ao lado dos principais clubes do Estado e acrescentando o 13º título à galeria de troféus.
Durante a competição, a equipe disputou 20 jogos, venceu 15, empatou 4 e perdeu apenas 1, totalizando 49 dos 60 pontos em disputa.
A diretoria uniu experiência com profissionais selecionados para compor a comissão técnica. Nela, estão Mauro Madureira, com passagens por Cruzeiro, São Paulo, Inter-RS e os três clubes paranaenses; Leomir, ex-zagueiro e Fluminense; Ivair, ex-Atlético e Bragantino; o zagueiro Nenê com passagens pelo Vasco, Atlético -PR e Vitória de Guimarães, entre outros
Em 1997, sob a presidência Juarez Malucelli, empresário no ramo da construção de obras, o Malutrom fez uma parceria com o São José E.C, da cidade de São José dos Pinhais, a 15 km de Curitiba, que adotou a equipe para o mando de jogos, com apoio da prefeitura local. Com isto, a agremiação passou a disputar o paranaense com o nome Malutrom- São José. A partir do ano que vem, a equipe mandará seus jogos num estádio que está sendo construído em parceria, ocupando uma área de 21.700 metros quadrados e com capacidade de 20 mil torcedores.
Isto permitirá aos mais de 200 mil habitantes de São José contar com entretenimento oferecido pelo primeiro clube empresa do País
Para maior integração e conforto aos seus atletas, o Malutrom S.A possui sede esportiva em Guaratuba, Morretes, Curitiba e São José dos Pinhais, todas apresentando infraestrutura total. São quatro campos oficiais, quatro suíços, além de vestiários exclusivos, alojamentos salas de condicionamento físico, departamento médico e ambulância para emergências.
